从国家举办独立学院的初衷来看，它对缓解高校的招生压力、补充高等教育经费不足以及实现高等教育的大众化发挥了很大作用。但随着独立学院的发展，一些问题也凸显出来。
2010年底，教育部网站上公示了申请与母体高校脱钩“独立”的全国15所独立学院名单。2011年4月，教育部批准了12所独立学院转设为独立设置民办本科学校名单。截止到2015年5月，已经有46所独立院校转设为独立设置民办本科学校，截至2023年，独立学院164所。
独立学院作为一种新的办学模式之所以能够迅速发展起来，除了各种各样的正当理由之外，不同利益主体的利益诉求是独立学院发展迅速的最直接的动因。纵观独立学院在我国发展的历史，尽管举办者或投资方的初衷各异，但不可否认在举办独立学院之初就是出于经济利益的考虑，强调民办教育的营利性，把对经济利益的追求放在了第一位。也正是因为独立学院在我国产生和发展的这种特殊逻辑，使其在发展的进程中不可避免地存在一些严重的缺陷和不足，特别是制度供给方面的不足，已严重制约了独立学院的发展。
政策法律和内部管理机制不完善，严重制约了独立学院的发展。独立学院作为一种制度设计已经在我国高等教育系统中客观存在，这就需要有一个独立的、适应性与可操作性强的政策法律体系和完善的内部管理体制作为依据和支撑。而目前，我国独立学院很大程度上都是依靠行政行为进行管理，缺乏必要的法律规范与监督，必然导致独立学院这一新的办学机制会存在着制度供给不足的致命缺陷。在内部管理体制建设方面，依据教育部26号令规定，还没有一套能保证独立学院独立、健康发展的运行机制。比如，独立学院设立董事会，但实际上，依托省属高校举办的独立学院因没有真正意义上的投资方，董事会都是虚设的，也就不可能真正履行职责。
办学定位与办学模式不统一，严重影响独立学院人才培养定位的要求。独立学院作为一种介于普通高等学校与高等职业学院之间的大众型的教育机构，立足于“应用型”人才的培养，已得到了共识。然而，由于独立学院办学基本依赖母体高校，因此在专业设置、培养方案、教学大纲、教学运行及组织管理上沿用了母体高校的模式，办学成本大大降低；若按照独立学院“应用型”人才培养定位的要求，重新制定培养方案、编写新教材及新的教学大纲、调整新的实验，那么母体学校就要投入大量的人力、物力和财力，在目前没有强制措施的情况下很难办到。
师资队伍没有形成合力，教学处境尴尬。目前独立学院的师资队伍大部分主要来源于母体高校，少部分来自离退休教师和社会各行业专业人才。母体高校的师资在课程安排优先于独立学院，且工作量已处于饱和状态，教学时间和精力难以保证，再加上这些教师对独立学院学生的特点研究不够，无法落实因材施教，与独立学院人才培养目标不相适应；就目前独立学院发展的状况，办学者更多的关心利益的多少，对教师队伍建设关注不够，独立学院的学生在不断的增长，而师资队伍没有同步前进，为教学质量埋下了隐患。
截至2023年，全国独立学院共有164所。独立学院是保证中国高等教育今后持续健康发展的一项重大举措。独立学院将会成为今后一个时期高等教育发展的一个亮点。中国的独立学院一般是在申办高校的优势学科、特色专业的基础上发展起来的，与母体高校在培养目标、专业设置方面的雷同现象十分严重。这在独立学院创办初期，尤其是由母体高校颁发学历文凭时期对考生具有相当强的吸引力。但随着招生中母体高校“光环效应”的逐渐减退，原有的学科专业不仅不再是吸引考生的优势，反而成为独立学院与母体高校争生源、争就业市场的根源。迫于生存压力，不少独立学院开始转变办学方向，面向区域经济发展打造应用型本科人才培养特色。
图表：2014-2023年中国独立学院学校数量规模
数据来源：国家教育部、中经百汇研究中心
更多研究内容详见中经百汇编撰的《中国独立学院行业分析报告》，中经百汇提供行业研究报告、定制报告、可行性研究报告、商业计划书、产业规划、企业战略咨询等服务产品，另外还提供产经新闻、市场研究、产业数据服务、企业排行榜等资讯内容。
